30 июля 1962 года по благословению Святейшего и Блаженейшего Католикоса- Патриарха всея Грузии, Ефрема II во Мцхета открылись пастырские курсы, которые в 1965 году были переделаны в семинарию. 6 октября 1988 г. по благословению Святейшего и Блаженейшего Католикоса-Патриарха всея Грузии, Мцхета-Тбилисского архиепископа и Пицундского и Цхум-Абхазского митрополита, Илии II на базе Мцхетской семинарии была основана Тбилисская Духовная Семинария и Академия. 

13 сентября 1990 года при Семинарии и Академии основался Богословский институт, объединяющий 2 факультета – христианской антропологии и христианского искусствоведения.  Выпускникам академии, семинарии и богословского института присваивалось квалификация педагогов богословских наук. 

3 октября 2005 года при Духовной Академии и Семинарии был  создан ещё один факультет - церковной архитектуры (зодчества), иконописи, реставрации станковой и монументальной иконописи. В том же году факультет Христианской Антропологии был переделан в  факультет  психологии и религиоведения, выпускники которого получали квалификацию психолога и религиоведа. А факультет христианского искусствоведения был переделан в факультет искусствоведения и религиоведения. Выпускники получали квалификацию искусствоведа и религиоведа. 

25 декабря 2014 г. Тбилисской Духовной Академии и Семинарии присвоена авторизация, чем и определилось сегодняшнее лицо училища. На сегодняшний день функционируют  пять факультетов: Тбилисская Духовная Академия; Тбилисская Духовная Семинария; Христианская психология; христианское искусствоведение; церковной  архитектуры (зодчества); иконописи; реставрации станковой и монументальной иконописи.